Ash, és barátai a Johto vidék egy újabb részének,
a Tisztaság Kanyonnak a felfedezésére készülnek, ám lekésik a buszt, így az
ott élő Pokémon kutató lányhoz, Lunához fordulnak segítségért.
Mewtwo és a többi klón Pokémon egy eldugott
fennsíkon élnek magányosan és számkivetten, de békében, távol az emberektől,
valahol a Tisztaság Kanyonban.
Giovanni, Mewtwo alkotója, és legnagyobb ellensége,
az egyetlen ember akinek memóriájából nem törlődtek ki Mew és a klón
Mewtwo csatájának emléke, nem nyugszik, amíg vissza nem szerzi szuper-klónját.
Emberei, a Rakéta Csapat tagjai felfedik a klónok
rejtekhelyét…
